Für dieses Beispiel liegt die JS-Datei liegt im SiteCollection-Root in einem Unterordner von „SiteAssets“

<asp:Content ID="PageHead" ContentPlaceHolderID="PlaceHolderAdditionalPageHead" runat="server">
  <script type="text/javascript" language="javascript" 
          src="/SiteAssets/folder_name/custom_js_file_name.js">
  </script>    
</asp:Content>

https://sharepoint.stackexchange.com/questions/161309/load-javascript-from-external-file-in-a-web-part