Hier eine kleine Doku zu diesen Host-named site collections! Ich hatte das Problem, dass die URL für das Such-Center nicht funktionierte. Ich fand zwar die SC in einer WebApp aber nirgends ein Binding (IIS) oder eine AAM (SP) dazu.
Erst als ich diesen Link dann las fand ich heraus, dass ich das Binding händisch selbst erstellen muss 😉